Les archives du cerveau
Il y a des bugs qui plantent bruyamment, et il y a des bugs qui se taisent. Les pires sont les seconds : ils renvoient un résultat qui a l’air correct, et personne ne va vérifier un chiffre qui a l’air correct. C’est exactement ce qu’on vient de corriger dans BioPHP, en passant les séquences […]
ContinuerIl y a quelques semaines, je me suis attaquée à la migration d’un plug-in de BioPHP, BioTools, mon portage PHP 8 / Symfony des minitools BioPHP de Joseba Bikandi. Le projet était bloqué en Symfony 4.4, et sa dépendance sœur amelaye/biophp avait elle-même été migrée progressivement jusqu’à SF7 dans le cadre de sa propre montée […]
ContinuerTrois jours, cinq sessions accompagnée de Claude, un projet qui traînait du PHP 7.2 et du Symfony 4 comme un vieux pull qu’on n’ose plus jeter. Voici comment BioPHP, ma librairie de bioinformatique, s’est retrouvée propulsée jusqu’à PHP 8.5 et Symfony 7 — avec au passage quelques bugs qui n’attendaient qu’un changement de contexte pour […]
ContinuerComment une simple erreur 500 sur une API Symfony m’a entraînée dans une modernisation complète — Composer, Deployer, migration PHP 8 et pièges Doctrine compris. Cette fois, je savais dès le départ à quoi m’attendre. Un projet qu’on laisse dormir plusieurs années ne se réveille jamais avec un simple git pull : il se réveille […]
ContinuerLe souci de la librairie d’origine de BioPHP, c’est son absence de design pattern. Le code d’origine prévoyait d’inclure deux systèmes de bases de données (Genbank et Swissprot en l’occurence) voire d’autres, car j’ai vu une dizaine d’autres formats. Or le but du jeu c’est d’avoir une structure assez carrée pour pouvoir ensuite manipuler les […]
ContinuerJ’aime bien la biologie, depuis ma tendre enfance. Je pensais même pouvoir un jour pouvoir faire de la bioinformatique mais j’ai vite été lassée des études en fac, donc j’ai dû faire un peu une croix sur ce projet. Then, I left to Marseille, tout ça … Mais dernièrement, j’ai eu pas mal de remous […]
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